| 佛教 |
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本列表之寺院列出标准为近代以前所成立的佛教各宗派之总本山、大本山级之寺院，且在日本的佛教史、文化史、美术史上占有重要地位、及拥有国宝级等之重要的文化财，并拥有广大信仰、与对日本文化上有重大影响之一系列寺院。
本列表以日本都道府县排列。
日本都道府县之寺院分布
北海道
青森县
岩手县
宫城县
秋田县
山形县
福岛县
- 专称寺（福岛县いわき市）
茨城县
栃木县
群马县
埼玉县
- 正法寺（埼玉县东松山市）
- 喜多院（埼玉县川越市）
千叶县
- 万满寺（千叶县松户市）
- 本土寺（千叶县松户市）
- 东渐寺（千叶县松户市）
- 新胜寺（千叶县成田市）→ 成田山新胜寺
东京都
- 护国寺（东京都文京区）
- 药王院有喜寺（东京都八王子市）
- 普济寺（东京都立川市）
- 禅林寺（东京都三鹰市）
- 西新井大师总持寺（东京都足立区）
- 增上寺（东京都港区）
- 泉岳寺（东京都港区）
- 浅草寺（东京都台东区）
- 宽永寺（东京都台东区）
- 豪德寺（东京都世田谷区）
- 池上本门寺（东京都大田区）
神奈川县
- 总持寺（神奈川县横滨市鹤见区）
- 明月院（神奈川县镰仓市）
- 妙本寺（神奈川县镰仓市）
- 长谷寺（神奈川县镰仓市）
- 东庆寺（神奈川县镰仓市）
- 瑞泉寺（神奈川县镰仓市）
- 青莲寺（神奈川县镰仓市）
- 称名寺（横滨市金泽区）
- 清净光寺（神奈川县藤泽市）
- 寿福寺（神奈川县镰仓市）
- 光明寺（镰仓市）
- 高德院（镰仓大佛、神奈川县镰仓市）
- 建长寺（神奈川县镰仓市）
- 弘明寺（横滨市南区）
- 觉园寺（神奈川县镰仓市）
- 圆觉寺（神奈川县镰仓市）
新潟县
- 莲华峰寺（新潟县佐渡市）
- 净兴寺（新潟县上越市）
富山县
- 来迎寺（富山县富山市）
石川县
福井县
- 永平寺（福井县永平寺町）
山梨县
- 本远寺（山梨县南巨摩郡身延町）
- 久远寺（山梨县南巨摩郡身延町）
长野县
- 放光寺（长野县松本市）
- 长谷寺（长野县长野市）
- 善光寺（长野县长野市）
- 牛伏寺（长野县松本市）
岐阜县
- 华严寺（岐阜县揖斐郡揖斐川町）
静冈县
- 大石寺（静冈县富士宫市）
- 修禅寺（静冈县伊豆市）
爱知县
- 长兴寺（爱知县丰田市）
- 兴正寺（尾张高野、名古屋市昭和区）
三重县
- 初马寺（三重县津市）→ 莲光院初马寺
- 专修寺（三重县津市、栃木县芳贺郡二宫町）
- 青莲寺（地藏院、三重县名张市）
- 金刚证寺（三重县伊势市）
滋贺县
- 三井寺（滋贺县大津市）→ 园城寺
- 宝严寺（竹生岛、滋贺县东浅井郡びわ町）
- 百济寺（滋贺县东近江市）
- 长命寺（滋贺县近江八幡市）
- 金刚轮寺（滋贺县爱知郡秦庄町）
- 延历寺（滋贺县大津市）
- 园城寺（三井寺、滋贺县大津市）
- 石山寺（滋贺县大津市）
- 永源寺（滋贺县东近江市）
京都府
- 天龙寺（京都府京都市右京区）
- 龙安寺（京都市右京区）
- 了德寺（京都市右京区）
- 三十三间堂（莲华王院本堂、京都市东山区）
- 鹿苑寺（金阁寺、京都市右京区）
- 慈照寺（银阁寺、京都市左京区）
- 善峰寺（京都市西京区）
- 壬生寺（京都市中京区）
- 妙心寺（京都市右京区）
- 妙法院（京都市东山区）
- 松尾寺（京都府舞鹤市）
- 曼殊院（京都市左京区）
- 万福寺（京都府宇治市）
- 本愿寺（京都市下京区）
- 西本愿寺（净土真宗本愿寺派本愿寺、京都市下京区）
- 东本愿寺（京都市下京区）
- 本能寺（京都市中京区）
- 法然院（京都市左京区）
- 方广寺（京都市东山区）
- 宝严院（京都市右京区）
- 法金刚院（京都市右京区）
- 法住寺（京都市东山区）
- 佛光寺（京都市下京区）
- 法界寺（京都市伏见区）
- 法观寺（八坂塔、京都市东山区）
- 平等院（京都府宇治市）
- 成相寺（京都府宫津市）
- 南禅寺（京都市左京区）
- 仁和寺（御室御所）（京都市右京区）
- 东福寺（京都市东山区）
- 东寺（教王护国寺、京都市南区）
- 等持院（京都市右京区）
- 顶法寺（六角堂、京都市中京区）
- 知恩院（京都市东山区）
- 智积院（京都市东山区）
- 大报恩寺（京都市上京区）
- 大德寺（京都市北区）
- 醍醐寺（京都市伏见区）
- 大觉寺（京都市右京区）
- 禅林寺（永观堂、京都市）
- 泉涌寺（京都市东山区）
- 清凉寺（京都市右京区）
- 随心院（京都市山科区）
- 净瑠璃寺（京都府木津川市加茂町）
- 神护寺（京都市右京区）
- 青莲院（京都市东山区）
- 相国寺（京都市上京区）
- 清净华院（京都市上京区）
- 实相院（京都市左京区）
- 寂光院（京都市左京区）
- 三室户寺（京都府宇治市）
- 三十三间堂（妙法院莲华王院、京都市）
- 三千院（京都市左京区）
- 六波罗蜜寺（京都市东山区）
- 西芳寺（苔寺、京都市）
- 广隆寺（京都市右京区）
- 金戒光明寺（京都市）
- 高台寺（京都市东山区）
- 鞍马寺（京都市左京区）
- 建仁寺（京都市东山区）
- 光悦寺（京都市北区）
- 高山寺（京都市右京区）
- 兴正寺（京都市下京区）
- 行愿寺（京都市中京区）
- 清水寺（京都市东山区）
- 海住山寺（京都府木津川市加茂町）
- 劝修寺（京都市山科区）
- 穴太寺（京都府龟冈市）
- 庐山寺（京都市上京区）
大阪府
- 林昌寺（大阪府泉南市）
- 野中寺（大阪府羽曳野市）
- 葛井寺（大阪府藤井寺市）
- 南宗寺（大阪府堺市）
- 道明寺（大阪府藤井寺市）
- 长庆寺（大阪府泉南市）
- 太融寺（大阪市北区）
- 大圣观音寺（大阪市住吉区）
- 大圣胜军寺（大阪府八尾市）
- 大念佛寺（大阪市平野区）
- 施福寺（大阪府和泉市）
- 四天王寺（大阪市）
- 西琳寺（大阪府羽曳野市）
- 孝恩寺（大阪府贝冢市）
- 观心寺（大阪府河内长野市）
- 胜尾寺（大阪府箕面市）
- 西江寺（大阪府箕面市）
- 叡福寺（大阪府南河内郡太子町）
兵库县
- 本兴寺（兵库县尼崎市）
- 斑鸠寺（兵库县揖保郡太子町）
- 中山寺（兵库县宝冢市）
- 如意寺（兵库县神户市西区）
- 能福寺（兵库县神户市兵库区）
- 朝光寺（兵库县加东郡社町）
- 大龙寺（兵库县神户市中央区）
- 太山寺（兵库县神户市西区）
- 须磨寺（福祥寺、兵库县神户市须磨区）
- 净土寺（兵库县小野市）
- 清荒神清澄寺（兵库县宝冢市）
- 清水寺（兵库县加东郡社町）
- 神咒寺（兵库县西宫市）
- 伽耶院（兵库县三木市）
- 鹤林寺（兵库县加古川市）
- 温泉寺（兵库县丰冈市）
- 圆教寺（兵库县姬路市）
- 一乘寺（兵库县加西市）
奈良县
- 大安寺（奈良县奈良市）
- 灵山寺（奈良市）
- 药师寺（奈良县奈良市）
- 室生寺（奈良县宇陀郡室生村）
- 南法华寺（壶阪寺、奈良县高市郡高取町）
- 宝山寺（奈良县生驹市）
- 法隆寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 法轮寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 法华寺（奈良县奈良市）
- 法起寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 不退寺（奈良县奈良市）
- 长谷寺（奈良县樱井市）
- 唐招提寺（奈良县奈良市）
- 东大寺（正仓院）（奈良县奈良市）
- 中宫寺（奈良县生驹郡斑鸠町）
- 当麻寺（奈良县葛城市）
- 橘寺（奈良县高市郡明日香村）
- 新药师寺（奈良县奈良市）
- 西大寺（奈良市）
- 兴福寺（奈良县奈良市）
- 元兴寺（奈良县奈良市）
- 冈寺（奈良县高市郡明日香村）→龙盖寺
- 带解寺（奈良县奈良市）
- 秋篠寺（奈良县奈良市）
- 飞鸟寺（安居院、奈良县高市郡明日香村）
- 大峰山寺（奈良县吉野郡天川村）
- 大峰山龙泉寺（奈良县吉野郡天川村）
和歌山县
- 补陀洛山寺（和歌山县东牟娄郡那智胜浦町）
- 根来寺（和歌山县岩出市）
- 道成寺（和歌山县日高郡日高川町）
- 长保寺（和歌山县海南市）
- 善福院（和歌山县海南市）
- 青岸渡寺（和歌山县东牟娄郡那智胜浦町）
- 净妙寺（和歌山县有田市）
- 金刚三昧院（和歌山县伊都郡高野町）
- 金刚峰寺（和歌山县伊都郡高野町）
- 粉河寺（和歌山县那贺郡粉河町）
- 纪三井寺（和歌山县和歌山市）
鸟取县
- 三佛寺（鸟取县东伯郡三朝町）
岛根县
- 一畑寺（岛根县出云市）
冈山县
广岛县
- 明王院（广岛县福山市）
- 福禅寺（对潮楼、广岛县福山市）
山口县
- 东光寺（山口县萩市）
- 功山寺（山口县下关市）
德岛县
香川县
爱媛县
- 泰平寺（爱媛县宇和岛市）
高知县
福冈县
- 承天寺（福冈县福冈市）
- 观世音寺（福冈县太宰府市）
佐贺县
长崎县
- 崇福寺（长崎县长崎市）
熊本县
大分县
- 富贵寺（大分县）
宫崎县
鹿儿岛县
- 泰平寺（鹿儿岛县萨摩川内市）