蝙蝠冠狀病毒HKU3

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蝙蝠冠狀病毒HKU3
病毒分類 e
–未分级–： 病毒 Virus
域： RNA病毒域 Riboviria
界： 正链RNA病毒界 Orthornavirae
门： 小RNA病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 網巢病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种： SARSr-CoV
病毒株： 蝙蝠冠狀病毒HKU3 HKU3病毒

蝙蝠冠狀病毒HKU3（BtCoV HKU3；Bat-SARS-CoV HKU3）屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），為SARS-CoV相關病毒，在中華菊頭蝠樣本中發現，是第一個在蝙蝠中發現的SARS相關病毒[1]。HKU3包含13個病毒株，其中HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3於2005年發表，在香港的中華菊頭蝠中發現；HKU3-4至HKU3-13於2010年發表，在香港與廣東的中華菊頭蝠樣本中發現。

發表與研究

中華菊頭蝠

2004年至2005年，香港大學的研究人員在香港各地採集動物樣本，發現中華菊頭蝠樣本中含有與SARS-CoV相似的冠狀病毒，經全基因組定序得到HKU3-1、HKU3-2與HKU3-3等三個病毒株[2][3]，是首次在蝙蝠樣本中發現SARS相關病毒，此前僅知果子貍、貉與鼬獾帶有SARS病毒[1][注 1]。HKU3-1、3-2與3-3的基因組約長29700nt，其序列與SARS-CoV相似度為88%，大部分差異位於刺突蛋白（S）、ORF3與ORF8，其中尤以ORF8差異最大，與果子貍SARS病毒一樣比人類SARS病毒多了一段長29nt的插入序列（但此29個核酸與果子狸病毒的不完全相同），形成一完整的長開放閱讀框，而人類SARS病毒的ORF8則是被分成8a與8b等2個較小的開放閱讀框[5]。

2010年，又有10個與此三個病毒株相近的新病毒株被發表，即為HKU3-4至HKU3-13，基因組長度介於29677nt至29716nt之間，這些病毒株來自2004年至2008年採集的中華菊頭蝠樣本，其中HKU3-7與HKU3-8來自廣東的個體，其他則來自香港的個體，香港的8個毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和廣東的毒株相似度則為98.5%，這10個新病毒株與2005年發表的3個病毒株共同組成一個演化支。除HKU3-8外的9個病毒株的ORF8皆與果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2與3-3一樣是一個完整的長開放閱讀框，HKU3-8在此處則有一段長26nt的缺失（在人類SARS病毒29nt缺失的附近），將ORF8分為3個較小的開放閱讀框[6]。

HKU3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）[7]

演化樹

截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：


 蝙蝠病毒

 果子狸病毒

 人類病毒


註腳

  1. ↑ 1個月後有另一研究團隊發表在湖北與廣西發現Rf1、Rm1與Rp3等三個蝙蝠SARSr-CoV病毒株[1][4]。

參考文獻

  1. ↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi. BAT CORONAVIRUSES. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (编). Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition.. John Wiley & Sons. 2015. 
  2. ↑ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser. 
  3. ↑ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. 
  4. ↑ 4.0 4.1 4.2 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391. 
  5. ↑ Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102. 
  6. ↑ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09. 
  7. ↑ 7.0 7.1 7.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15. 
  8. ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea.. Virus Genes. 2019, 55 (4): 545–549. PMC 7089380 可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w. 
  9. ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y; et al. Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China.. J Virol. 2014, 88 (12): 7070–82. PMC 4054348 可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14. 
  10. ↑ 10.0 10.1 Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013, 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. PMC 5389864 可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711. 
  11. ↑ Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W; et al. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus.. J Virol. 2016, 90 (6): 3253–6. PMC 4810638 可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15. 
冠状病毒
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（α-CoV）
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其他
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SARSr-CoV
SARS-CoV相關病毒
人類病毒
SARS-CoV
蝙蝠病毒
HKU3 · Rm1 · Rf1 · Rp3 · Rs672 · SHC014 · WIV1 · LYRa11 · YNLF 31C · YNLF 34C · WIV16 · 16BO133
其他
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SARS-CoV-2相關病毒
人類病毒
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变种
受关切变种
Alpha（B.1.1.7）（带E484K版本） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2） · Omicron（B.1.1.529）
受关注变种
Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾为受关注变种
Epsilon（B.1.427、B.1.429、CAL.20C） · Zeta（P.2） · Theta（P.3） · Eta（B.1.525） · Iota（B.1.526） · Kappa（B.1.617.1）
监测中变种
R.1 · B.1.466.2 · B.1.1.318 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523 · B.1.619 · B.1.620 · C.1.2 · B.1.562 · B.1.630
其他变种
B.1.1.207 · B.1.1.317 · B.1.616 · B.1.618 · Cluster 5（已消亡）
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R · Y453F · S477G/N · E484Q · E484K · F490S · N501Y · N501S · D614G · Q677P/H · P681H · P681R · A701V
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203 · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
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其他
BtKY72病毒 · BM48-31病毒 · RaTG15
相關病毒
Ghana348相關 · HKU9 · BtKY18樣 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013
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