Rp3病毒 | |
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病毒分类 | |
–未分级–: | 病毒 Virus |
域: | 核糖病毒域 Riboviria |
界: | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
门: | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
纲: | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
目: | 网巢病毒目 Nidovirales |
科: | 冠状病毒科 Coronaviridae |
属: | 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus |
亚属: | SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus |
种: | SARSr-CoV |
病毒株: | Rp3病毒 Rp3 |
蝙蝠冠状病毒Rp3(Bat SARS-CoV/Rp3/2004)是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒(SARSr-CoV)的一个病毒株,为SARS-CoV相关病毒,在中国广西的皮氏菊头蝠样本中发现,于2005年发表。
发现
2004年3月至11月,研究人员在中国广东、天津、广西与湖北四省市采集蝙蝠样本,在广西南宁皮氏菊头蝠的粪便样本中发现SARS相关病毒,即Rp3病毒,于2005年和Rf1病毒与Rm1病毒一起发表[1]。
基因组
Rp3病毒的基因组长29736nt[2],序列与SARS-CoV的相似度为92.6%[3],其ORF8和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列,为一完整的开放阅读框,人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rp3的ORF8(121个氨基酸)比人类SARS病毒ORF8辅助蛋白(121个氨基酸)少一个氨基酸,且两者氨基酸序列相似度仅35%[1]。另外Rp3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域(receptor binding domain, RBD)有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失(但不见于WIV1病毒与SHC014病毒)[4]。
演化树
截至2021年1月[update],SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树:
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SARS-CoV-2 79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
蝙蝠病毒
果子狸病毒
人类病毒
参考文献
- ↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391.
- ↑ Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome. NCBI.
- ↑ 3.0 3.1 Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W; et al. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus.. J Virol. 2016, 90 (6): 3253–6. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15.
- ↑ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15.
- ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea.. Virus Genes. 2019, 55 (4): 545–549. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w.
- ↑ 6.0 6.1 Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi. BAT CORONAVIRUSES. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (编). Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition.. John Wiley & Sons. 2015.
- ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y; et al. Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China.. J Virol. 2014, 88 (12): 7070–82. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14.
- ↑ 8.0 8.1 Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013, 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711.