YNLF_31C病毒与YNLF_34C病毒

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YNLF_31C病毒与YNLF_34C病毒
病毒分类 e
–未分级–： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 网巢病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种： SARSr-CoV
病毒株： YNLF_31C病毒与YNLF_34C病毒 YNLF_31C；YNLF_34C

YNLF_31C病毒（bat SL-CoV YNLF-31C；SARSr-Rf-BatCoV YNLF_31C）与YNLF_34C病毒（bat SL-CoV YNLF-34C；SARSr-Rf-BatCoV YNLF_34C）皆为严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV）的病毒株，在中国云南的马铁菊头蝠样本中发现，于2015年发表。这两个病毒株的基因组序列与造成SARS事件的SARS-CoV相似度皆为93%，略低于WIV1病毒、SHC014病毒等较早发表的病毒株，但其ORF8（编码对SARS-CoV跨物种传播相当重要的辅助蛋白）与SARS-CoV的相似度特别高[1]，核酸与氨基酸序列相似度皆约为82%[2][注 1]，高于WIV1等病毒株（约33%）。

发现与研究

YNLF_31C病毒与YNLF_34C病毒皆是在一次云南蝙蝠冠状病毒普查的研究中被发现，研究人员在云南多处采集多种蝙蝠样本，发现多种SARS相关病毒的序列，其中两件来自楚雄彝族自治州禄丰县的马铁菊头蝠样本中的病毒复制酶保守区序列和SARS-CoV完全吻合，即YNLF_31C与YNLF_34C。研究人员进一步将这两个病毒株的完整基因组定序，其基因组皆长29723nt，彼此序列几乎相同（相似度99.9%），于2015年发表[1]。

SARS-CoV刺突蛋白中与宿主受体ACE2结合的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）中有5个关键氨基酸为辨识物种所需，YNLF_31C与YNLF_34C仅有其中1个与SARS-CoV相同，另外其RBD与HKU3、Rf1、Rp3与Rm1一样有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）。YNLF_31C与YNLF_34C全基因组序列与SARS-CoV的相似度约为93%，略低于WIV1与SHC014和SARS-CoV的相似度（95%），但其ORF8与SARS-CoV的相似度较高，核酸与氨基酸序列相似度皆约为82%，相较之下WIV1与SHC014的ORF8与SARS-CoV的氨基酸序列相似度仅有约33%，加上此前有在湖北马铁菊头蝠中发现的另一SARS相关病毒株Rf1的ORF8与SARS-CoV相似度也较高（80.4%）[3]，因此发表YNLF_31C与YNLF_34C的论文作者提出SARS-CoV可能是马铁菊头蝠的SARSr-CoV（YNLF_31C、YNLF_34C病毒或相关病毒）与中华菊头蝠的SARSr-CoV（WIV、SHC014或相关病毒）间发生重组而产生的假说[1][3][注 1]。

另外YNLF_34C在复制酶1a序列起始处附近的一小段序列（2950－3402）和SARS-CoV的相似度很高，此区可能也曾有基因重组发生[6]。

演化树

截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：


 蝙蝠病毒

 果子狸病毒

 人类病毒


注脚

  1. ↑ 1.0 1.1 2015年发表的另一项研究显示有两种中华菊头蝠SARSr-CoV病毒株的ORF8和SARS-CoV的相似度更高，核酸序列相似度达近99%，仅有若干个点突变[4]。另外2017年中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队对云南一处洞穴蝙蝠进行的病毒普查研究中，分别在马铁菊头蝠和中华菊头蝠身上发现Rf4092与Rs4084两个新病毒株，两者的ORF8也与SARS-CoV的高度相似（仅有数个碱基差别），其中后者的ORF8跟SARS-CoV一样被分成8a与8b两个开放阅读框，是已知蝙蝠SARSr-CoV中唯一有此现象者[5]。

参考文献

  1. ↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15. 
  2. ↑ 2.0 2.1 Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W; et al. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus.. J Virol. 2016, 90 (6): 3253–6. PMC 4810638 可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15. 
  3. ↑ 3.0 3.1 Hu, Ben; Ge, Xingyi; Wang, Lin-Fa; Shi, Zhengli. Bat origin of human coronaviruses. Virology Journal. 2015, 12 (1). ISSN 1743-422X. doi:10.1186/s12985-015-0422-1. 
  4. ↑ Wu, Zhiqiang; Yang, Li; Ren, Xianwen; Zhang, Junpeng; Yang, Fan; Zhang, Shuyi; Jin, Qi. ORF8-Related Genetic Evidence for Chinese Horseshoe Bats as the Source of Human Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Infectious Diseases. 2016, 213 (4): 579–583. ISSN 0022-1899. doi:10.1093/infdis/jiv476. 
  5. ↑ Drosten, Christian; Hu, Ben; Zeng, Lei-Ping; Yang, Xing-Lou; Ge, Xing-Yi; Zhang, Wei; Li, Bei; Xie, Jia-Zheng; Shen, Xu-Rui; Zhang, Yun-Zhi; Wang, Ning; Luo, Dong-Sheng; Zheng, Xiao-Shuang; Wang, Mei-Niang; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa; Cui, Jie; Shi, Zheng-Li. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLOS Pathogens. 2017, 13 (11): e1006698. ISSN 1553-7374. doi:10.1371/journal.ppat.1006698. 
  6. ↑ Li, Xiaojun; Giorgi, Elena E.; Marichannegowda, Manukumar Honnayakanahalli; Foley, Brian; Xiao, Chuan; Kong, Xiang-Peng; Chen, Yue; Gnanakaran, S.; Korber, Bette; Gao, Feng. Emergence of SARS-CoV-2 through recombination and strong purifying selection. Science Advances. 2020, 6 (27): eabb9153. ISSN 2375-2548. doi:10.1126/sciadv.abb9153. 
  7. ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea.. Virus Genes. 2019, 55 (4): 545–549. PMC 7089380 可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w. 
  8. ↑ 8.0 8.1 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391. 
  9. ↑ 9.0 9.1 Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi. BAT CORONAVIRUSES. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (编). Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition.. John Wiley & Sons. 2015. 
  10. ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y; et al. Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China.. J Virol. 2014, 88 (12): 7070–82. PMC 4054348 可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14. 
  11. ↑ 11.0 11.1 Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013, 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. PMC 5389864 可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711. 
冠状病毒
冠状病毒亚科
甲型冠状病毒属
（α-CoV）
甲型冠状病毒1型
猫冠状病毒（FCoV） · 犬冠状病毒（CCoV） · 猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）
甲型冠状病毒2型
雪貂冠状病毒（FRECV · FRSCV） · 水鼬冠状病毒（MCoV）
菊头蝠冠状病毒HKU2（Bat-CoV HKU2） · 猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）
229E病毒
人类冠状病毒229E（HCoV-229E） · 羊驼冠状病毒（ACoV） · 单峰骆驼229E样冠状病毒 · 蝙蝠229E样冠状病毒
NL63病毒
人类冠状病毒NL63（HCoV-NL63） · NL63相关蝙蝠冠状病毒
长翼蝠冠状病毒HKU8（Bat-CoV HKU8） · 长翼蝠冠状病毒1型（Bat-CoV 1A/1B） · 褐扁颅蝠冠状病毒HKU33（Tr-BatCoV HKU33）
蝙蝠冠状病毒HKU10（Bat-CoV HKU10） · 马铁菊头蝠甲型冠状病毒HuB-2013 · 中华菊头蝠冠状病毒HKU32（Rs-BatCoV HKU32） · 蝙蝠冠状病毒CDPHE15（BatCoV CDPHE15） · 高头蝠冠状病毒512（Sc-BatCoV-512） · 猪流行性腹泻病毒（PEDV）
其他
鼩鼱冠状病毒T14（Sa-CoV T14） · 文成鼩鼱病毒（WESV） · 鹿城褐家鼠冠状病毒（LRNV）
乙型冠状病毒属
（β-CoV）
Embecovirus
（支系A）
乙型冠状病毒1型（β1CoV）
牛冠状病毒（BCoV） · 人类冠状病毒OC43（HCoV-OC43） · 马冠状病毒（ECoV） · 猪凝血性脑脊髓炎病毒（PHEV） · 犬呼吸道冠状病毒（CRCoV）
兔冠状病毒HKU14（RbCoV HKU14） · 黄鼠冠状病毒HKU24（ChRCoV HKU24） · 龙泉黑线姬鼠冠状病毒（LAMV）
鼠冠状病毒（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV） · 大鼠冠状病毒（RCoV）（大鼠涎泪腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV）
人类冠状病毒HKU1（HCoV-HKU1） · 龙泉罗赛鼠冠状病毒（LRLV）
Merbecovirus
（支系C）
刺猬冠状病毒（EriCoV） · 东北刺猬冠状病毒HKU31（Ea-HedCoV HKU31） · 扁颅蝠冠状病毒HKU4（Bat-CoV HKU4） · 伏翼蝠冠状病毒HKU5（Bat-CoV HKU5） · 中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV） · 祖鲁棕蝠冠状病毒（NeoCoV） · 灰伏翼冠状病毒HKU25（Hp-BatCoV HKU25）
Nobecovirus（支系D）
果蝠冠状病毒GCCDC1（Ro-BatCoV GCCDC1） · 果蝠冠状病毒HKU9（Ro-BatCoV HKU9）
Hibecovirus                            
普氏蹄蝠冠状病毒ZJ013（BtHp-BetaCoV/ZJ2013）
Sarbecovirus（支系B）                            
SARS-CoV · SARS-CoV-2 · 变种 · 蝙蝠SARSr-CoV（详见Template:SARSr-CoV）
丙型冠状病毒属
（γ-CoV）
Cegacovirus
鲸豚冠状病毒（白鲸冠状病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠状病毒HKU22）
Brangacovirus
雁冠状病毒CB17
Igacovirus
鸭冠状病毒2714
禽冠状病毒（传染性支气管炎病毒） · 禽冠状病毒9203（火鸡冠状病毒）
丁型冠状病毒属
（δ-CoV）
鹎冠状病毒HKU11（BuCoV HKU11） · 鸫冠状病毒HKU12（ThCoV HKU12） · 文鸟冠状病毒HKU13（MuCoV HKU13） · 猪丁型冠状病毒（PdCV） · 绣眼冠状病毒HKU16（WeCoV HKU16） · 麻雀冠状病毒HKU17（SpCoV HKU17） · 鹊鸲冠状病毒HKU18（MRCoV HKU18） · 夜鹭冠状病毒HKU19 · 鸭冠状病毒HKU20（WiCoV HKU20） · 红冠水鸡冠状病毒HKU21（CMCoV HKU21） · 隼冠状病毒HKU27（FalCoV UAE-HKU27） · 翎颌鸨冠状病毒HKU28（HouCoV UAE-HKU28） · 鸽冠状病毒HKU29（PiCoV UAE-HKU29） · 鹌鹑冠状病毒HKU30（QuaCoV UAE-HKU30）
勒托病毒亚科
严重急性呼吸系统综合征相关冠状病毒 SARSr-CoV（Sarbevirus）
SARSr-CoV
SARS-CoV相关病毒
人类病毒
SARS-CoV
蝙蝠病毒
HKU3 · Rm1 · Rf1 · Rp3 · Rs672 · SHC014 · WIV1 · LYRa11 · YNLF 31C · YNLF 34C · WIV16 · 16BO133
其他
果子狸SARS冠状病毒
SARS-CoV-2相关病毒
人类病毒
SARS-CoV-2
变种
受关切变种
Alpha（B.1.1.7）（带E484K版本） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2） · Omicron（B.1.1.529）
受关注变种
Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾为受关注变种
Epsilon（B.1.427、B.1.429、CAL.20C） · Zeta（P.2） · Theta（P.3） · Eta（B.1.525） · Iota（B.1.526） · Kappa（B.1.617.1）
监测中变种
R.1 · B.1.466.2 · B.1.1.318 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523 · B.1.619 · B.1.620 · C.1.2 · B.1.562 · B.1.630
其他变种
B.1.1.207 · B.1.1.317 · B.1.616 · B.1.618 · Cluster 5（已消亡）
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R · Y453F · S477G/N · E484Q · E484K · F490S · N501Y · N501S · D614G · Q677P/H · P681H · P681R · A701V
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203 · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠状病毒（GD · GX · Pangolin-CoV-2020）
其他
BtKY72病毒 · BM48-31病毒 · RaTG15
相关病毒
Ghana348相关 · HKU9 · BtKY18样 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013
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