蝙蝠冠状病毒HKU3

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蝙蝠冠状病毒HKU3
病毒分类 e
–未分级–： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 网巢病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种： SARSr-CoV
病毒株： 蝙蝠冠状病毒HKU3 HKU3病毒

蝙蝠冠状病毒HKU3（BtCoV HKU3；Bat-SARS-CoV HKU3）属严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV），为SARS-CoV相关病毒，在中华菊头蝠样本中发现，是第一个在蝙蝠中发现的SARS相关病毒[1]。HKU3包含13个病毒株，其中HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3于2005年发表，在香港的中华菊头蝠中发现；HKU3-4至HKU3-13于2010年发表，在香港与广东的中华菊头蝠样本中发现。

发表与研究

中华菊头蝠

2004年至2005年，香港大学的研究人员在香港各地采集动物样本，发现中华菊头蝠样本中含有与SARS-CoV相似的冠状病毒，经全基因组定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株[2][3]，是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒，此前仅知果子狸、貉与鼬獾带有SARS病毒[1][注 1]。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt，其序列与SARS-CoV相似度为88%，大部分差异位于刺突蛋白（S）、ORF3与ORF8，其中尤以ORF8差异最大，与果子狸SARS病毒一样比人类SARS病毒多了一段长29nt的插入序列（但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同），形成一完整的长开放阅读框，而人类SARS病毒的ORF8则是被分成8a与8b等2个较小的开放阅读框[5]。

2010年，又有10个与此三个病毒株相近的新病毒株被发表，即为HKU3-4至HKU3-13，基因组长度介于29677nt至29716nt之间，这些病毒株来自2004年至2008年采集的中华菊头蝠样本，其中HKU3-7与HKU3-8来自广东的个体，其他则来自香港的个体，香港的8个毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和广东的毒株相似度则为98.5%，这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框，HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失（在人类SARS病毒29nt缺失的附近），将ORF8分为3个较小的开放阅读框[6]。

HKU3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）[7]

演化树

截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：


 蝙蝠病毒

 果子狸病毒

 人类病毒


注脚

  1. ↑ 1个月后有另一研究团队发表在湖北与广西发现Rf1、Rm1与Rp3等三个蝙蝠SARSr-CoV病毒株[1][4]。

参考文献

  1. ↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi. BAT CORONAVIRUSES. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (编). Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition.. John Wiley & Sons. 2015. 
  2. ↑ Bat SARS coronavirus HKU3. NCBI Taxonomy Browser. 
  3. ↑ Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3). Uniprot. [2021-01-24]. 
  4. ↑ 4.0 4.1 4.2 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391. 
  5. ↑ Lau, S. K. P.; Woo, P. C. Y.; Li, K. S. M.; Huang, Y.; Tsoi, H.-W.; Wong, B. H. L.; Wong, S. S. Y.; Leung, S.-Y.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2005, 102 (39): 14040–14045. ISSN 0027-8424. doi:10.1073/pnas.0506735102. 
  6. ↑ Lau, Susanna K. P.; Li, Kenneth S. M.; Huang, Yi; Shek, Chung-Tong; Tse, Herman; Wang, Ming; Choi, Garnet K. Y.; Xu, Huifang; Lam, Carol S. F.; Guo, Rongtong; Chan, Kwok-Hung; Zheng, Bo-Jian; Woo, Patrick C. Y.; Yuen, Kwok-Yung. Ecoepidemiology and Complete Genome Comparison of Different Strains of Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Rhinolophus Bat Coronavirus in China Reveal Bats as a Reservoir for Acute, Self-Limiting Infection That Allows Recombination Events. Journal of Virology. 2010, 84 (6): 2808–2819. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02219-09. 
  7. ↑ 7.0 7.1 7.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15. 
  8. ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea.. Virus Genes. 2019, 55 (4): 545–549. PMC 7089380 可免费查阅. PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w. 
  9. ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y; et al. Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China.. J Virol. 2014, 88 (12): 7070–82. PMC 4054348 可免费查阅. PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14. 
  10. ↑ 10.0 10.1 Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013, 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. PMC 5389864 可免费查阅. PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711. 
  11. ↑ Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W; et al. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus.. J Virol. 2016, 90 (6): 3253–6. PMC 4810638 可免费查阅. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15. 
冠状病毒
冠状病毒亚科
甲型冠状病毒属
（α-CoV）
甲型冠状病毒1型
猫冠状病毒（FCoV） · 犬冠状病毒（CCoV） · 猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）
甲型冠状病毒2型
雪貂冠状病毒（FRECV · FRSCV） · 水鼬冠状病毒（MCoV）
菊头蝠冠状病毒HKU2（Bat-CoV HKU2） · 猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）
229E病毒
人类冠状病毒229E（HCoV-229E） · 羊驼冠状病毒（ACoV） · 单峰骆驼229E样冠状病毒 · 蝙蝠229E样冠状病毒
NL63病毒
人类冠状病毒NL63（HCoV-NL63） · NL63相关蝙蝠冠状病毒
长翼蝠冠状病毒HKU8（Bat-CoV HKU8） · 长翼蝠冠状病毒1型（Bat-CoV 1A/1B） · 褐扁颅蝠冠状病毒HKU33（Tr-BatCoV HKU33）
蝙蝠冠状病毒HKU10（Bat-CoV HKU10） · 马铁菊头蝠甲型冠状病毒HuB-2013 · 中华菊头蝠冠状病毒HKU32（Rs-BatCoV HKU32） · 蝙蝠冠状病毒CDPHE15（BatCoV CDPHE15） · 高头蝠冠状病毒512（Sc-BatCoV-512） · 猪流行性腹泻病毒（PEDV）
其他
鼩鼱冠状病毒T14（Sa-CoV T14） · 文成鼩鼱病毒（WESV） · 鹿城褐家鼠冠状病毒（LRNV）
乙型冠状病毒属
（β-CoV）
Embecovirus
（支系A）
乙型冠状病毒1型（β1CoV）
牛冠状病毒（BCoV） · 人类冠状病毒OC43（HCoV-OC43） · 马冠状病毒（ECoV） · 猪凝血性脑脊髓炎病毒（PHEV） · 犬呼吸道冠状病毒（CRCoV）
兔冠状病毒HKU14（RbCoV HKU14） · 黄鼠冠状病毒HKU24（ChRCoV HKU24） · 龙泉黑线姬鼠冠状病毒（LAMV）
鼠冠状病毒（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV） · 大鼠冠状病毒（RCoV）（大鼠涎泪腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV）
人类冠状病毒HKU1（HCoV-HKU1） · 龙泉罗赛鼠冠状病毒（LRLV）
Merbecovirus
（支系C）
刺猬冠状病毒（EriCoV） · 东北刺猬冠状病毒HKU31（Ea-HedCoV HKU31） · 扁颅蝠冠状病毒HKU4（Bat-CoV HKU4） · 伏翼蝠冠状病毒HKU5（Bat-CoV HKU5） · 中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV） · 祖鲁棕蝠冠状病毒（NeoCoV） · 灰伏翼冠状病毒HKU25（Hp-BatCoV HKU25）
Nobecovirus（支系D）
果蝠冠状病毒GCCDC1（Ro-BatCoV GCCDC1） · 果蝠冠状病毒HKU9（Ro-BatCoV HKU9）
Hibecovirus                            
普氏蹄蝠冠状病毒ZJ013（BtHp-BetaCoV/ZJ2013）
Sarbecovirus（支系B）                            
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（γ-CoV）
Cegacovirus
鲸豚冠状病毒（白鲸冠状病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠状病毒HKU22）
Brangacovirus
雁冠状病毒CB17
Igacovirus
鸭冠状病毒2714
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丁型冠状病毒属
（δ-CoV）
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勒托病毒亚科
严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒 SARSr-CoV（Sarbevirus）
SARSr-CoV
SARS-CoV相关病毒
人类病毒
SARS-CoV
蝙蝠病毒
HKU3 · Rm1 · Rf1 · Rp3 · Rs672 · SHC014 · WIV1 · LYRa11 · YNLF 31C · YNLF 34C · WIV16 · 16BO133
其他
果子狸SARS冠状病毒
SARS-CoV-2相关病毒
人类病毒
SARS-CoV-2
变种
受关切变种
Alpha（B.1.1.7）（带E484K版本） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2） · Omicron（B.1.1.529）
受关注变种
Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾为受关注变种
Epsilon（B.1.427、B.1.429、CAL.20C） · Zeta（P.2） · Theta（P.3） · Eta（B.1.525） · Iota（B.1.526） · Kappa（B.1.617.1）
监测中变种
R.1 · B.1.466.2 · B.1.1.318 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523 · B.1.619 · B.1.620 · C.1.2 · B.1.562 · B.1.630
其他变种
B.1.1.207 · B.1.1.317 · B.1.616 · B.1.618 · Cluster 5（已消亡）
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R · Y453F · S477G/N · E484Q · E484K · F490S · N501Y · N501S · D614G · Q677P/H · P681H · P681R · A701V
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203 · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠状病毒（GD · GX · Pangolin-CoV-2020）
其他
BtKY72病毒 · BM48-31病毒 · RaTG15
相关病毒
Ghana348相关 · HKU9 · BtKY18样 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013
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