元朝為兗州屬濟寧路，明朝洪武十八年（1385年），濟寧府降為濟寧州，兗州則升為兗州府。在明代，兗州府駐滋陽縣，共轄23縣：滋陽、曲阜、寧陽、泗水、汶上、鄒縣、金鄉、魚臺、嘉祥、單縣、成武、曹縣、定陶、巨野、鄆城、壽張、陽穀、東阿、平陰、滕縣、嶧縣、郯城、費縣；四州：濟寧州、東平州、曹州、沂州，轄區範圍基本上相當於今日山東省南部[1]。
清代，金鄉、魚臺、嘉祥歸濟寧州；東阿、平陰、東平州歸泰安府；曹州、單縣、成武、曹縣、定陶、巨野、鄆城建立曹州府；沂州、郯城、費縣建立沂州府；滋陽、曲阜、寧陽、泗水、汶上、鄒縣、壽張、陽穀、滕縣、嶧縣十縣為兗州府。
轄縣
| 兗州府轄縣（1385年—1913年） | |
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| 1385年 | 嵫陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、單縣、城武縣、曹縣、定陶縣 濟寧州：鄆城縣、巨野縣、嘉祥縣 東平州：汶上縣、東阿縣、平陰縣、陽穀縣、壽張縣 沂州：郯城縣、費縣 |
| 1445年 | 嵫陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、單縣、城武縣 曹州（新設）：曹縣、定陶縣 濟寧州：鄆城縣、巨野縣、嘉祥縣 東平州：汶上縣、東阿縣、平陰縣、陽穀縣、壽張縣 沂州：郯城縣、費縣 |
| 1465年 | 嵫陽縣（改為滋陽縣）、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、單縣、城武縣 曹州：曹縣、定陶縣 濟寧州：鄆城縣、巨野縣、嘉祥縣 東平州：汶上縣、東阿縣、平陰縣、陽穀縣、壽張縣 沂州：郯城縣、費縣 |
| 1724年 | 滋陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、單縣、城武縣、汶上縣、東阿縣、平陰縣、陽穀縣、壽張縣、東平州（曹州、濟寧州、沂州為直隸州，東平州下轄縣直屬兗州府） |
| 1729年 | 滋陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、單縣、城武縣、汶上縣（濟寧州、鄆城縣來屬；東平州為直隸州，東阿縣、平陰縣、陽穀縣、壽張縣改屬東平直隸州） |
| 1735年 | 滋陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、魚臺縣、汶上縣、濟寧州（單縣、城武縣、鄆城縣改屬曹州府，嘉祥縣、陽穀縣、壽張縣來屬） |
| 1776年 | 滋陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、金鄉縣、陽穀縣、壽張縣（濟寧州為直隸州，嘉祥縣、魚臺縣、汶上縣改屬濟寧直隸州） |
| 1913年 | 滋陽縣、曲阜縣、寧陽縣、泗水縣、鄒縣、滕縣、嶧縣、陽穀縣、壽張縣、汶上縣 |