元朝为兖州属济宁路，明朝洪武十八年（1385年），济宁府降为济宁州，兖州则升为兖州府。在明代，兖州府驻滋阳县，共辖23县：滋阳、曲阜、宁阳、泗水、汶上、邹县、金乡、鱼台、嘉祥、单县、成武、曹县、定陶、巨野、郓城、寿张、阳谷、东阿、平阴、滕县、峄县、郯城、费县；四州：济宁州、东平州、曹州、沂州，辖区范围基本上相当于今日山东省南部[1]。
清代，金乡、鱼台、嘉祥归济宁州；东阿、平阴、东平州归泰安府；曹州、单县、成武、曹县、定陶、巨野、郓城建立曹州府；沂州、郯城、费县建立沂州府；滋阳、曲阜、宁阳、泗水、汶上、邹县、寿张、阳谷、滕县、峄县十县为兖州府。
辖县
| 兖州府辖县（1385年—1913年） | |
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| 1385年 | 嵫阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县、曹县、定陶县 济宁州：郓城县、巨野县、嘉祥县 东平州：汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县 沂州：郯城县、费县 |
| 1445年 | 嵫阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县 曹州（新设）：曹县、定陶县 济宁州：郓城县、巨野县、嘉祥县 东平州：汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县 沂州：郯城县、费县 |
| 1465年 | 嵫阳县（改为滋阳县）、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县 曹州：曹县、定陶县 济宁州：郓城县、巨野县、嘉祥县 东平州：汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县 沂州：郯城县、费县 |
| 1724年 | 滋阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县、汶上县、东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县、东平州（曹州、济宁州、沂州为直隶州，东平州下辖县直属兖州府） |
| 1729年 | 滋阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、单县、城武县、汶上县（济宁州、郓城县来属；东平州为直隶州，东阿县、平阴县、阳谷县、寿张县改属东平直隶州） |
| 1735年 | 滋阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、鱼台县、汶上县、济宁州（单县、城武县、郓城县改属曹州府，嘉祥县、阳谷县、寿张县来属） |
| 1776年 | 滋阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、金乡县、阳谷县、寿张县（济宁州为直隶州，嘉祥县、鱼台县、汶上县改属济宁直隶州） |
| 1913年 | 滋阳县、曲阜县、宁阳县、泗水县、邹县、滕县、峄县、阳谷县、寿张县、汶上县 |