Rp3病毒 | |
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病毒分類 | |
–未分級–: | 病毒 Virus |
域: | RNA病毒域 Riboviria |
界: | 正鏈RNA病毒界 Orthornavirae |
門: | 小RNA病毒門 Pisuviricota |
綱: | 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes |
目: | 網巢病毒目 Nidovirales |
科: | 冠狀病毒科 Coronaviridae |
屬: | 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus |
亞屬: | SARS乙型冠狀病毒亞屬 Sarbecovirus |
種: | SARSr-CoV |
病毒株: | Rp3病毒 Rp3 |
蝙蝠冠狀病毒Rp3(Bat SARS-CoV/Rp3/2004)是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒(SARSr-CoV)的一個病毒株,為SARS-CoV相關病毒,在中國廣西的皮氏菊頭蝠樣本中發現,於2005年發表。
發現
2004年3月至11月,研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本,在廣西南寧皮氏菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒,即Rp3病毒,於2005年和Rf1病毒與Rm1病毒一起發表[1]。
基因組
Rp3病毒的基因組長29736nt[2],序列與SARS-CoV的相似度為92.6%[3],其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列,為一完整的開放閱讀框,人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rp3的ORF8(121個胺基酸)比人類SARS病毒ORF8輔助蛋白(121個胺基酸)少一個胺基酸,且兩者胺基酸序列相似度僅35%[1]。另外Rp3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失(但不見於WIV1病毒與SHC014病毒)[4]。
演化樹
截至2021年1月[update],SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹:
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SARS-CoV-2 79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
蝙蝠病毒
果子狸病毒
人類病毒
參考文獻
- ↑ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391.
- ↑ Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome. NCBI.
- ↑ 3.0 3.1 Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W; et al. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus.. J Virol. 2016, 90 (6): 3253–6. PMC 4810638 . PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15.
- ↑ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15.
- ↑ Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea.. Virus Genes. 2019, 55 (4): 545–549. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w.
- ↑ 6.0 6.1 Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi. BAT CORONAVIRUSES. Lin-Fa Wang and Christopher Cowled (編). Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition.. John Wiley & Sons. 2015.
- ↑ He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y; et al. Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China.. J Virol. 2014, 88 (12): 7070–82. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14.
- ↑ 8.0 8.1 Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013, 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711.