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伽马变异株一共有17种氨基酸变化，其中10种发生在刺突蛋白，包括了3种特别引起关注的突变： “N501Y”、“E484K”和“K417T”[3][6]。
伽马变异株和在巴西传播的另一种变异株：泽塔变异株（P.2谱系）有显著的差异，泽塔变异株只携带“E484K”突变，并无其他两种突变：“N501Y”和“K417T”[6][7]。
历史
2021年1月6日，日本国立感染症研究所从四位抵达东京的旅客中检测出伽马变异株，他们都曾去过巴西亚马孙州[3][4]。伽马变异株是造成2021年初2019冠状病毒病病例在亚马孙州首府玛瑙斯快速增加的原因之一。
2021年1月12日，巴西－英国CADDE中心在玛瑙斯确认13例P.1谱系病例[3]。在2020年3月至11月期间从玛瑙斯收集的27份样本中没有发现P.1谱系，然而在2020年12月15日至23日期间从同城收集到的样本中P.1谱系占42%（n=13/31），接着在2020年12月15日至31日期间收集的样本中P.1谱系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期间收集的样本中P.1谱系更达到了85.4%（n=41/48）。从2020年12月下旬到2021年1月9日期间，P.2谱系（泽塔变异株）迅速被P.1谱系取代，玛瑙斯P.2谱系所占比重由25.4%急剧下降到6.3%[3][8]。
奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会研究人员对亚马孙州250份基因组样本进行了研究，他们发现相比B.1.1.28谱系和B.1.195谱系病例，P.1谱系感染可以产生大约10倍的病毒载量，传播力为2.2倍。P.1谱系对于18岁到59岁人群和60岁以上的老年人群具有同等的传播力，显示P.1谱系更易在年轻人之间传播，无性别差异[9]。
CADDE中心的研究显示P.1谱系传播力比以往的变异株高两倍，而且可以避开大约32%的获得性免疫（比如先前感染冠状病毒），引发再次感染的可能性。P.1谱系的病死率比以往的变异株高1.5倍[10]。
病例统计
| 各国P.1谱系病例（截至2021年8月9日） GISAID[11] | ||
|---|---|---|
| 国家或地区 | 病例数 | 日期 |
 美国
|
23,373 | 2021年6月29日 |
 巴西
|
16,200 | 2021年6月13日 |
 加拿大
|
8,070 | 2021年7月5日 |
 比利时
|
1,974 | 2021年7月1日 |
 墨西哥
|
2,278 | 2021年6月24日 |
 智利
|
2,522 | 2021年6月13日 |
 西班牙
|
957 | 2021年6月26日 |
 意大利
|
2,181 | 2021年6月29日 |
 荷兰
|
566 | 2021年6月17日 |
 哥伦比亚
|
346 | 2021年6月1日 |
 德国
|
806 | 2021年6月22日 |
 法国
|
577 | 2021年6月23日 |
 特立尼达和多巴哥
|
255 | 2021年6月15日 |
 阿根廷
|
329 | 2021年5月12日 |
 法属圭亚那
|
318 | 2021年6月11日 |
|
224 | 2021年6月23日 |
 葡萄牙
|
190 | 2021年6月23日 |
 乌拉圭
|
173 | 2021年4月15日 |
 瑞士
|
187 | 2021年6月21日 |
 阿鲁巴
|
121 | 2021年6月20日 |
 日本
|
118 | 2021年6月13日 |
 苏里南
|
117 | 2021年5月25日 |
 瑞典
|
141 | 2021年6月14日 |
 巴拉圭
|
54 | 2021年5月4日 |
 丹麦
|
63 | 2021年6月29日 |
 海地
|
47 | 2021年5月20日 |
 卢森堡
|
2 | 2021年4月19日 |
 芬兰
|
7 | 2021年5月23日 |
 孟加拉国
|
1 | 2021年2月18日 |
 巴巴多斯
|
3 | 2021年5月22日 |
 开曼群岛
|
1 | 2021年6月17日 |
 法罗群岛
|
1 | 2021年1月12日 |
 关岛
|
1 | 2021年4月30日 |
 圭亚那
|
3 | 2021年1月18日 |
 菲律宾
|
2 | 2021年2月21日 |
 波多黎各
|
1 | 2021年6月9日 |
 哥斯达黎加
|
69 | 2021年6月29日 |
 厄瓜多尔
|
145 | 2021年7月21日 |
 土耳其
|
88 | 2021年6月29日 |
 秘鲁
|
42 | 2021年6月14日 |
 多米尼加
|
38 | 2021年6月10日 |
 马耳他
|
32 | 2021年6月22日 |
 爱尔兰
|
29 | 2021年6月21日 |
 奥地利
|
28 | 2021年6月18日 |
 波兰
|
24 | 2021年7月14日 |
 捷克
|
20 | 2021年6月22日 |
 以色列
|
19 | 2021年7月6日 |
 玻利维亚
|
17 | 2021年6月2日 |
 委内瑞拉
|
17 | 2021年5月26日 |
 库拉索
|
14 | 2021年6月24日 |
 罗马尼亚
|
12 | 2021年6月12日 |
 韩国
|
10 | 2021年7月3日 |
 挪威
|
9 | 2021年7月1日 |
 澳大利亚
|
8 | 2021年4月25日 |
 新加坡
|
8 | 2021年6月11日 |
 斯洛文尼亚
|
7 | 2021年6月4日 |
 新西兰
|
7 | 2021年5月31日 |
 克罗地亚
|
6 | 2021年6月29日 |
 立陶宛
|
6 | 2021年6月30日 |
 约旦
|
5 | 2021年4月28日 |
 中国台湾
|
4 | 2021年1月28日 |
 印度
|
3 | 2021年5月12日 |
 波黑
|
3 | 2021年7月5日 |
 中国
|
2 | 2021年4月17日 |
 巴基斯坦
|
1 | 2021年5月17日 |
 安哥拉
|
1 | 2021年3月22日 |
 拉脱维亚
|
1 | 2021年4月1日 |
 泰国
|
1 | 2021年4月5日 |
 俄罗斯
|
1 | 2021年5月21日 |
 希腊
|
1 | 2021年5月14日 |
 博奈尔
|
1 | 2021年7月7日 |
| 世界（71国/地区） | 总数：63,769 | 截至2021年8月9日 |
变异
![伽马变异株的氨基酸突变（在SARS-CoV-2的基因组上作图）[12]](/wiki/File:SARS-CoV-2_Gamma_variant.svg)
伽马变异株包括两个子变异株：“28-AM-1”和“28-AM-2”，它们都带有“K417T”、“E484K”和“N501Y”突变。
伽马变异株有10种刺突蛋白突变，包含了N501Y和E484K。
| 基因编号 | 氨基酸 |
|---|---|
| ORF1ab | synT733C |
| synC2749T | |
| S1188L | |
| K1795Q | |
| del11288-11296 (3675-3677 SGF) | |
| synC12778T | |
| synC13860T | |
| E5665D | |
| 刺突蛋白 | L18F |
| T20N | |
| P26S | |
| D138Y | |
| R190S | |
| K417T | |
| E484K | |
| N501Y | |
| H 655Y | |
| T1027I | |
| ORF8 | E92K |
| ins28269-28273 | |
| N | P80R |
| 来源：Faria et al. (2021)，图 1.B | |
参见
注释
参考文献
- ↑ 英国公共卫生部. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 2021-02-27 [2021-02-27] （英语）.
- ↑ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. 天空新闻台. 2021-01-15 [2021-01-15].
- ↑ 3.0 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23] （英语）.
- ↑ 4.0 4.1 Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil. Japan Today (日本). 2021-01-11 [2021-01-14].
- ↑ Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int. [2021-06-01] （英语）.
- ↑ 6.0 6.1 Covid-19 Genomics UK Consortium. COG-UK Report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK (PDF). www.cogconsortium.uk. 2021-01-15 [2021-01-25].
- ↑ Oliver T.R. Toovey, Kirsty N. Harvey, Paul W. Bird, and Julian Wei-Tze Wei-Tze Tang. Introduction of Brazilian SARS-CoV-2 484K.V2 related variants into the UK. Journal of Infection. 2021-02-03, 82 (5): e23–e24. PMC 7857057
. PMID 33548358. doi:10.1016/j.jinf.2021.01.025.
- ↑ Danner, Chas. What We Know About the New P.1 Strain of the Coronavirus. nymag.com. 2021-01-25 [2021-01-28].
- ↑ Nascimento, Valdinete; Souza, Victor. COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new Variant of Concern P.1. Research Square. 2021-02-25 [2021-03-02]. doi:10.21203/rs.3.rs-275494/v1.
- ↑ Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DS, Mishra S, et al. Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. Science. 2021-05-21, 372 (6544): 815–821. Bibcode:2021Sci...372..815F. ISSN 0036-8075. PMC 8139423 . PMID 33853970. doi:10.1126/science.abh2644 .
- ↑ GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. [2021-08-09].
- ↑ Spike Variants: Gamma variant, aka P.1, B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3 variant, and K417T/E484K/N501Y. covdb.stanford.edu （英语）.
外部链接
- PANGO lineages（英文）