PDF檔案格式發現了特定的安全與隱私問題，因此在您打開這類檔案時可能要特別留意。 PDF檔案可包含複雜的互動特性，其特效能觸發PDF閱讀軟體連結到網際網路，並向第三方顯示IP位址與其他個人資料。 惡意的PDF作者可能會使用此功能連結到您使用者帳號所在的IP位址，或因此侵犯讀者的隱私。
PDF檔案具有複雜的內部結構，這將會幾無可能檢測到危險的檔案；對於隱私權相當重視的讀者，應採取預防措施。 PDF檔案是否會暴露個人資料，取決於您所選擇的PDF閱讀軟體。 通常，PDF閱讀軟體的功能越少越安全；於Firefox與Chrome瀏覽器所搭載的原生PDF閱讀軟體是最安全的選擇。
Adobe Acrobat的舊版本與Adobe Reader，在預設設定下，是不安全的。 Adobe Acrobat XI、DC與更新版本都在使用者連結網際網路前做出提醒，除非您手動變更了Acrobat的信任設定。
延伸閱讀
- 有關安全設定的Adobe檔案
- Aniello Castiglione, Alfredo De Santis, Claudio Soriente (2010): Security and privacy issues in the Portable Document Format