| 車站名稱[1] | 英文名稱[6] | 里程（米） | 所在區域 | 啟用日期 | 接駁線路[2] | 軌道數量／類型 | 月臺數量／類型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1號綫 | |||||||
| 羅湖 | Luohu | 130 | 羅湖區 | 2004年12月28日 | 港鐵東鐵線（羅湖站）[3]  廣深鐵路（深圳站）
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2 常用 1 事故停車專用 |
地下西班牙式月台 |
| 國貿 | Guomao | 1275 | 2 常用 | 地下疊式側式站台 | |||
| 老街 | Laojie | 1919 | 3號線 | 地下疊式島式站台 | |||
| 大劇院 | Grand Theater | 2854 | 2號線 往赤灣 8號線 往小梅沙 5號線 11號線 （經紅嶺南站出閘換乘9號線） |
地下島式站台 | |||
| 科學館 | Science Museum | 4223 | 福田區 | 6號線 | |||
| 華強路 | Huaqiang Rd | 5245 | （經華強南站出閘換乘7號線、11號線） | ||||
| 崗廈 | Gangxia | 7195 | 10號線 | ||||
| 會展中心 | Convention & Exhibition Center | 7874 | 4號線 | ||||
| 購物公園 | Shopping Park | 8545 | 3號線 廣深港高速鐵路（福田站）[5]
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| 香蜜湖 | Xiangmi Lake | 10340 | |||||
| 車公廟 | Chegongmiao | 11703 | 7號線 9號線 11號線 | ||||
| 竹子林 | Zhuzilin | 12976 | 2 常用 1 備用 / 連接車輛段 |
地下雙島式站台 | |||
| 僑城東 | Qiaocheng East | 14769 | 2 常用 | 地下島式站台 | |||
| 華僑城 | OCT(Overseas Chinese Town) | 15926 | 南山區 | ||||
| 世界之窗 | Window of the World | 17112 | 2號線 往赤灣 8號線 往小梅沙 | ||||
| 白石洲 | Baishizhou | 17930 | 2009年9月28日 | ||||
| 高新園 | High-tech Park | 19310 | |||||
| 深大 | Shenzhen University | 20433 | 13號線 | ||||
| 桃園 | Taoyuan | 22693 | 2011年6月15日 | 12號線 | |||
| 大新 | Daxin | 23703 | |||||
| 鯉魚門 | Liyumen | 24925 | 南山區 前海深港現代服務業合作區 | ||||
| 前海灣 | Qianhaiwan | 25806 | 5號線 11號線 | ||||
| 新安 | Xin'an | 26962 | 寶安區 | ||||
| 寶安中心 | Bao'an Center | 28002 | 5號線 | ||||
| 寶體 | Bao'an Stadium | 28875 | |||||
| 坪洲 | Pingzhou | 30252 | |||||
| 西鄉 | Xixiang | 31468 | 2 常用 1 備用 |
地下雙島式站台 | |||
| 固戍 | Gushu | 34803 | 地下一島一側式站台 | ||||
| 后瑞[4] | Hourui | 38105 | 2 常用 | 高架島式站台 | |||
| 機場東 | Airport East | 40528 | 12號線 | 高架側式站台 | |||
| 注釋 | |||||||
| 1↑ 斜體標示的車站及路線，尚未啟用。 2↑ 斜體標示的換乘或轉乘，尚未啟用。 3↑ 須通過羅湖口岸到香港境內的港鐵羅湖站轉乘；此站轉乘東鐵綫不設優惠，乘客可以前往福田口岸站4號綫收費區換取東鐵綫落馬洲站轉乘優惠 4↑ 后瑞站的繁體寫法未明，有可能為「后瑞」或「後瑞」。 5↑ 經連城新天地地下通道，出站到福田站換乘廣深港高速鐵路。 6↑ 深圳地鐵官方標註英文名。 | |||||||