馬福元,民國時期新疆國民革命軍第三十六師穆斯林將領,為馬仲英之部屬。
1934年葉爾羌戰役和英吉沙戰役中,馬福元與馬占倉成功剿滅柯爾克孜和維吾爾叛軍,並擊斃鐵木爾伯克、阿不都拉·布格拉和努爾·阿合買提江·布格拉。馬福元後升任第三十六師副師長。