马福元,民国时期新疆国民革命军第三十六师穆斯林将领,为马仲英之部属。
1934年叶尔羌战役和英吉沙战役中,马福元与马占仓成功剿灭柯尔克孜和维吾尔叛军,并击毙铁木尔伯克、阿不都拉·布格拉和努尔·阿合买提江·布格拉。马福元后升任第三十六师副师长。