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系统发生学（现代希腊语：φυλογένεση；φύλο，现代希腊语：fílo——种系、宗族；γεννήση，现代希腊语：jénnissi——起源，血统[1]。英语：phylogenetics，又称 种系发生学、谱系发生学，简称 谱系学，是研究及推理生物个体或群体（例如物种或种群）间演化史及关系的科学方法，属于系统分类学的一部分。
系统发生学的推理方法，通常在性状演变的特定模型下，评估可观察到的遗传性状（例如DNA序列或生物形态）来“假定”这些生物间的关系。这种分析推理方法的结果，就是 系统发生（英语：phylogeny，也称为 系统发生树 phylogenetic tree）——可显示一群生物演化史的关系图解假说[2]。系统发生树的尖端可以是生物体或化石，且代表演化谱系中的现今生物或“末端”生物。
利用系统发生学来分析种系的基本原则是：两个演化支具有“相同的性状状态”是它们对于“共有祖先同一状态”的保留；而现存生物的性状就是演化史的纪录，可作为重建演化史的依据。由系统发生分析的原则，建构了支序分类学的基本逻辑；而系统发生分析已成为理解生物多样性、演化、生态学和基因组的核心。
系统发生学这个概念不单止用于生物种系的发生与发展，还会用在系统分类学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一性状在种系发生过程中的演化这一方面。
注：生物分类学是生物的识别、命名和分类，它通常由系统发生学提供丰富的信息，但两者仍然是在方法论和逻辑上不同的学科[3]。
研究方法
系统发生学的研究通过以下的手段实现：
通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系统发生树（演化树），其中描述了各个物种之间可能有的亲缘关系。
系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和实验被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如原口类动物的几个门究竟是归到蜕皮动物（来自遗传学方面的证据）还是触手动物（形态学方面的证据）。
性状的演变
- 同源，例如同源器官或是同源的行为方式，会显示出相同的躯体基本构造，因为环境的不同而进化成不同的外形或功能。同源器官的外形和功能可以相差很大。一个很好的例子就是脊椎动物的前肢。它们可以成为足，翅膀（鸟， 翼龙，蝙蝠），鳍（鱼，企鹅，鱼龙，鲸），手（人类，猿和一些恐龙），挖掘工具（田鼠，裸鼹鼠，袋鼹)。但其骨骼构造却是相似的。这些相似性只能用系统发生学的理论去解释。
同源特征证实了物种间的亲缘关系，是重构进化树的有力手段。同源现象在生物学中可以进一步分为直系同源（直系同源是指在不同物种中的某一基因来自同一祖先）和旁系同源（种系间的基因复制） 。
- 同功，例如同功器官外形的相似，功能的相同，但它们却是通过趋同演化独立发展出来开的。如墨鱼的眼睛和脊椎动物的眼睛，它们外形构造相似，功能都是感光。但透过显微镜可看到，它们的微细结构不一样。对个体发生的研究显示，它们是从不同胚层发育而来的。同功现象并不是亲缘关系的证据。
参考文献
- ↑ Liddell, Henry George; Scott, Robert; Jones, Henry Stuart. A Greek-English lexicon 9. Oxford: Clarendon Press. 1968: 1961.
- ↑ phylogeny. Biology online. [2013-02-15].
- ↑ Edwards AWF; Cavalli-Sforza LL. Reconstruction of evolutionary trees. Heywood, Vernon Hilton; McNeill, J. (编). Phenetic and Phylogenetic Classification. 1964: 67–76. OCLC 733025912.
Phylogenetics is the branch of life science concerned with the analysis of molecular sequencing data to study evolutionary relationships among groups of organisms.
