秘书长（英语：Secretary-general）为政府机关、政党或非营利社团法人（NPO）中经常设置的高阶职位之一，通常为机关团体中的幕僚长，承组织首长（委员长、理事长、会长、政党领袖等）之命总管行政业务，并指挥监督所属职员，并可依状况设置副秘书长以辅佐秘书长职务。类似古代的长史、功曹等官职。若组织有秘书处、室则另有该处首长或秘书长兼任。秘书长一职的名称，可能随着各地的民情而有不同的称呼。
另有一些例外，例：联合国秘书长，中华人民共和国的国务院秘书长，实际上均为该组织的“行政首长”，并非幕僚职务。
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