机密院（越南语：Viện cơ mật／院机密）是越南阮朝的一个朝廷官署名称，职能大体相当于中国清朝的军机处。其办公地点位于顺化皇城的勤政殿前庭左庑的右值房。
1834年，明命帝平定南圻的黎文𠐤叛乱之后，模仿中国宋朝的枢密院和清朝的军机处，设立机密院作为辅政机关。与其相邻的是内阁办公处。凡遇军机大事，阮朝的四柱大学士（勤政殿大学士、文明殿大学士、武显殿大学士、东阁大学士）至此商议。机密院设立以后，正一品的殿阁大学士基本上成为名誉头衔。
成泰年间，法国派遣的中圻钦使驻扎于此。成泰帝初即位，年龄尚小，法国人指定四人为辅政大臣，建立辅政府。成泰九年（1897年）九月，因成泰帝年龄增大，而辅政府与机密院职能重合，于是将辅政府并入机密院。维新年间，维新帝年幼，又改机密院为辅政府。启定年间，再改辅政府为机密院。保大初年，又因保大帝年幼，且在法国读书，又重新改机密院为辅政府。保大八年（1933年），保大帝回国亲政，又改辅政府为机密院。