異構酶（英語：isomerase）是一種催化同分異構體轉換的酶。異構酶因而催化以下的反應：
異構酶是以「(底物)異構酶」這種格式來命名，如脂酰輔酶A脫氫酶。或是以「(底物)(異構酶種類)」來命名，如磷酸葡萄糖變位酶。
異構酶在EC編號中分類為EC5，並再細分為6個子類：
