南疆,清朝時也稱回部,指新疆天山以南的地區。依現行行政區劃,包括今巴音郭楞蒙古自治州、阿克蘇地區、喀什地區、克孜勒蘇柯爾克孜自治州、和田地區等地,亦有把巴音郭楞蒙古自治州歸入東疆的分法。北疆、南疆、東疆是新疆的三個地理分區。
南疆和北疆以天山山脊線為界劃分。漢朝在南疆設西域都護府,魏晉時期設西域長史府。唐朝統治西域的安西都護府曾治南疆的龜茲,統轄「安西四鎮」。十四世紀先後屬於東察合台汗國、吐魯番汗國、葉爾羌汗國。清朝初年,南疆的回部臣屬準噶爾汗國。清朝滅準噶爾汗國,平回部。1987年4月10日中國共產黨中央軍委決定設立南疆軍區,為正軍級單位。負責管理南疆各軍分區及西藏阿里軍分區,歸烏魯木齊軍區建制領導。