吐魯番汗國（1365年-1570年），察合台汗國於1365年再次分裂，不久後，西部汗國被帖木兒帝國取代。東部汗國在中國史籍以國都為名，先後稱為別失八里（唐朝的庭州、北庭都護府，今新疆吉木薩爾）、亦力把里（歪思汗之後，即伊犁，今新疆伊寧市）、吐魯番（也密力火者、速檀阿力之後，即唐朝的西州、高昌，今新疆吐魯番市）。1570年吐魯番汗國最後一任大汗馬速與同是察合台系的葉爾羌汗國交戰被俘，東察合台汗國正支汗統結束。
吐魯番汗列表
- 速檀阿力 （漢文史籍又稱阿力）
- 速檀阿黑麻 （羽奴思汗子，馬哈木弟）（1487 － 1503）
- 速檀滿速兒 （1501 － 1542）
- 沙汗 （1542 － 1565）
- 馬速 （1565 － 1570）