孔休源（469年—532年），字庆绪，会稽郡山阴县（今浙江省绍兴市）人，南朝齐、南朝梁官员、学者，孔子三十二代孙。
孔休源曾祖孔遥之，刘宋尚书水部郎。南朝齐庐陵王记室参军孔珮[1]的儿子。十一岁丧父，居丧尽礼，每见父手所写手迹，一定恸哭流泪。师事吴兴郡沈𬴊士[2]学习经学，略通大义。497年（建武四年），州举秀才，太尉徐孝嗣见他的对策，激赏为“足称王佐之才”。孔休源与王融相友善，王融把他推荐给竟陵王萧子良，为西邸学士。502年（中兴二年），萧衍担任梁公，孔休源与南阳刘之遴为太学博士。孔休源初到建康，住在同宗少府卿孔登家中。以祠事入庙，见到侍中范云，得到褒赏。后范云乘舆至少府门拜访，孔登以为拜访自己，便拂筵整带，范云没有见孔登，只和孔休源终日高谈，同载还家。
孔休源在南朝梁临川王萧宏府中任行参军。武帝萧衍向吏部尚书徐勉询问一位有学艺、解朝仪的人物，充当尚书仪曹郎的人选，徐勉推荐孔休源。武帝即日任命孔休源兼任尚书仪曹郎中。当时礼乐制度多改革，每每求访前事，孔休源凭记忆随机断决，没有逡巡迟滞。吏部郎任昉称他为“孔独诵”。
孔休源转任建康狱正。后来再任中书舍人，临川王萧宏属下司徒府记室参军，转任尚书左丞。当时，太子詹事周舍编纂《礼疑义》，采集自汉魏至齐梁的礼学疑义。孔休源所有上奏议论，都加以收录。孔休源担任给事黄门侍郎，兼御史中丞。出任少府卿，兼行丹阳尹事。514年（天监十三年），在晋安王萧纲属下担任宣惠府长史、南郡太守、行荆州府州事。武帝命幼年的萧纲师事孔休源。515年（天监十四年），始兴王萧憺代萧纲驻守荆州，孔休源以南郡太守、行府州事，在萧憺属下担任镇右府长史。他在荆州有治绩，受位通直散骑常侍、领羽林监。转任秘书监，受号明威将军。普通年间，在晋安王萧纲属下担任云麾府长史、南兰陵郡太守，行南徐州事。
召回建康，担任太府卿，改为都官尚书。不久，兼太子中庶子。526年（普通7年），临川王萧宏去世，武帝与群臣议论代替萧宏出任扬州刺史的人选，贵戚王公都想出任，武帝以孔休源为宣惠将军、监扬州。530年（中大通二年），加授金紫光禄大夫，监扬州如故。在扬州白天决裁诉讼，夜晚通览古典。武帝出外巡幸，常以留守国事委任给他。
531年（中大通三年），昭明太子萧统去世，武帝有敕夜召孔休源入宴居殿，与群公议论，推立晋安王萧纲为皇太子。532年（中大通四年）五月，孔休源得病去世。享年六十四岁。追赠散骑常侍、金紫光禄大夫，谥号贞子。孔休源搜集书籍七千卷，自行校勘。他的上奏、议论、弹劾文，一共十五卷。