Α-變形菌：修订间差异

**[[Parvularculales]]

***[[Bartonellaceae]]

***[[Hyphomicrobiaceae]]

***[[Phyllobacteriaceae]]

***[[Xanthobacteraceae]]

***''[[Kiloniella]]''、''[[Kopriimonas]]''、''[[Rhodovibrio]]''，和''[[Pelagibius]]''<ref name=Ferla />

***''[[Kordiimonas]]''和''[[Rhodothalassium]]''<ref name=Ferla />

'''α-变形菌'''（'''Alphaproteobacteria'''）是[[变形菌门]]（Proteobacteria）下的一个[[纲]]<ref name=Bergey2C>{{cite book|series=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology|volume=2C|title=The Proteobacteria|editor=George M. Garrity|first1=Don J.|last1=Brenner|first2=Noel R.|last2=Krieg|first3=James T.|last3=Staley|publisher=Springer|location=New York|edition=2nd|isbn=978-0-387-24145-6|pages=1388|url=http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24145-6|date=July 26, 2005|origyear=1984(Williams & Wilkins)|id=British Library no. GBA561951|access-date=2014-11-08|archive-date=2015-02-19|archive-url=https://web.archive.org/web/20150219174039/http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24145-6|dead-url=no}}</ref>。此纲的成员变异性极大，且共通点极少，但他们确实系出同源。α-变形菌大多都是[[革兰氏阴性菌]]，而有些包内寄生的物种缺少肽聚醣，而造成革兰氏染色变异。<ref name=Bergey2C /><ref name=Euzeby>{{cite web |author=J.P. Euzéby |url=http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Proteobacteria |title=Alphaproteobacteria |accessdate=2011-11-17 |publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN) [http://www.bacterio.cict.fr/introduction.html] |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20130127030659/http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Proteobacteria |archivedate=2013-01-27 }}</ref>

关于本纲所属的目，有人反对现行的分类法，尤其是''{{le|Pelagibacterales}}''的地位，但大体上大家还是普遍接受。細菌的分类学一直是分类学家相当头痛的问题，因为細菌的基因会彼此互相交流，且基因歧异度相当高（像是[[遍在远洋桿菌]]由于他的寄生行为，就会精简化他的基因体）。在某些目中，其成员的GC含量变异也大的誇张<ref name=Ferla/>。举个例子，像是''Pelagibacterales''、[[立克次体目]]（''Rickettsiales''）和''Holosporales''三者的基因体都含有高AT含量，有人认为那其实是[[趋同演化]]所导致的假象<ref>{{cite journal|title=The SAR11 group of alpha-proteobacteria is not related to the origin of mitochondria|pages=e30520|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=7|issue=1|date=2012|doi=10.1371/journal.pone.0030520|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291975|accessdate=2019-02-12|author=Naiara Rodríguez-Ezpeleta, T. Martin Embley|pmid=22291975|pmc=PMC3264578}}</ref><ref>{{cite journal|title=Independent genome reduction and phylogenetic reclassification of the oceanic SAR11 clade|pages=599–615|issn=1537-1719|journal=Molecular Biology and Evolution|volume=29|issue=2|date=2012-2|doi=10.1093/molbev/msr203|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21900598|accessdate=2019-02-12|author=Johan Viklund, Thijs J. G. Ettema, Siv G. E. Andersson|pmid=21900598}}</ref><ref>{{cite journal|title=Comparative and phylogenomic evidence that the alphaproteobacterium HIMB59 is not a member of the oceanic SAR11 clade|pages=e78858|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=8|issue=11|date=2013|doi=10.1371/journal.pone.0078858|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24223857|accessdate=2019-02-12|author=Johan Viklund, Joran Martijn, Thijs J. G. Ettema, Siv G. E. Andersson|pmid=24223857|pmc=PMC3815206}}</ref>，而反对方也有他们自己的论述<ref name=Ferla/><ref>{{cite journal|title=Phylogenomic analysis of Odyssella thessalonicensis fortifies the common origin of Rickettsiales, Pelagibacter ubique and Reclimonas americana mitochondrion|pages=e24857|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=6|issue=9|date=2011|doi=10.1371/journal.pone.0024857|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21957463|accessdate=2019-02-12|author=Kalliopi Georgiades, Mohammed-Amine Madoui, Phuong Le, Catherine Robert, Didier Raoult|pmid=21957463|pmc=PMC3177885}}</ref><ref>{{cite journal|title=Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade|pages=13|issn=2045-2322|journal=Scientific Reports|volume=1|date=2011|doi=10.1038/srep00013|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22355532|accessdate=2019-02-12|author=J. Cameron Thrash, Alex Boyd, Megan J. Huggett, Jana Grote, Paul Carini, Ryan J. Yoder, Barbara Robbertse, Joseph W. Spatafora, Michael S. Rappé, Stephen J. Giovannoni|pmid=22355532|pmc=PMC3216501}}</ref><ref>{{cite journal|title=A robust species tree for the alphaproteobacteria|pages=4578–4586|issn=0021-9193|journal=Journal of Bacteriology|volume=189|issue=13|date=2007-7|doi=10.1128/JB.00269-07|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17483224|accessdate=2019-02-12|author=Kelly P. Williams, Bruno W. Sobral, Allan W. Dickerman|pmid=17483224|pmc=PMC1913456}}</ref>。后来有人发现用以判断分类依据的[[rRNA]]中，GC含量好像好像不太会受基因体变异影响。因此，rRNA中GC含量较高的 ''Holosporales'' 就被和低GC含量的''Pelagibacterales''和[[立克次体目]]分开了<ref name=Ferla/>。

而树狀图则是根据{{le|'The All-Species Living Tree' Project}}所提供的16s rRNA分析结果<ref>[['The All-Species Living Tree' Project]].{{cite web | url=http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf | title=16S rRNA-based LTP release 106 (full tree) | publisher=[[Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database]] [http://www.arb-silva.de/projects/living-tree] | accessdate=2011-11-17 | archive-date=2012-08-11 | archive-url=https://www.webcitation.org/69pId1wlm?url=http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf | dead-url=no }}</ref>

|13=''[[Rhodovibrio]]''

|1=[[立克次体目]] Rickettsiales （包含[[线粒体]]）

|1=[[Sphingomonadaceae]] （包含[[Erythrobacteraceae]], ''[[Caulobacter leidyi]]'', ''[[Asticcacaulis]]''）

*注：<br/>资料取自[[美国国家生物技术信息中心]]（NCBI）

{{reflist|45em}}