Α-變形菌：修订间差异

| image_caption = 穿透式電子顯微鏡下的昆蟲細胞，細胞被沃爾巴克體（Wolbachia）感染<br><small>授權：[[Public Library of Science]] / Scott O'Neill</small>

| subdivision_ranks = [[亞綱]]

**[[立克次體目]] Rickettsiales

**[[Parvularculales]]

***[[Bartonellaceae]]

***[[Hyphomicrobiaceae]]

***[[Phyllobacteriaceae]]

***[[Xanthobacteraceae]]

***[[紅細菌目]] Rhodobacterales

**[[紅螺菌目]] Rhodospirillales

***[[紅螺菌科]] Rhodospirillaceae

***其他紅螺菌目未分類成員<ref name=Ferla />

**[[鞘脂單胞菌目]] Sphingomonadales

***''[[Kiloniella]]''、''[[Kopriimonas]]''、''[[Rhodovibrio]]''，和''[[Pelagibius]]''<ref name=Ferla />

***''[[Kordiimonas]]''和''[[Rhodothalassium]]''<ref name=Ferla />

'''α-變形菌'''（'''Alphaproteobacteria'''）是[[變形菌門]]（Proteobacteria）下的一個[[纲]]<ref name=Bergey2C>{{cite book|series=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology|volume=2C|title=The Proteobacteria|editor=George M. Garrity|first1=Don J.|last1=Brenner|first2=Noel R.|last2=Krieg|first3=James T.|last3=Staley|publisher=Springer|location=New York|edition=2nd|isbn=978-0-387-24145-6|pages=1388|url=http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24145-6|date=July 26, 2005|origyear=1984(Williams & Wilkins)|id=British Library no. GBA561951|access-date=2014-11-08|archive-date=2015-02-19|archive-url=https://web.archive.org/web/20150219174039/http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24145-6|dead-url=no}}</ref>。此綱的成員變異性極大，且共通點極少，但他們確實系出同源。α-變形菌大多都是[[革兰氏阴性菌]]，而有些包內寄生的物種缺少肽聚醣，而造成革蘭氏染色變異。<ref name=Bergey2C /><ref name=Euzeby>{{cite web |author=J.P. Euzéby |url=http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Proteobacteria |title=Alphaproteobacteria |accessdate=2011-11-17 |publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN) [http://www.bacterio.cict.fr/introduction.html] |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20130127030659/http://www.bacterio.cict.fr/classifphyla.html#Proteobacteria |archivedate=2013-01-27 }}</ref>

α-變形菌包含多種細菌，其中包含[[光自營]]細菌、植物共生菌（如[[根瘤菌]]）、內共生細菌（如''Wolbachia''），和胞內寄生細菌（如[[立克次體]]）。

此外，本綱還包含已滅絕的{{link-en|Proto-mitochondrion|Proto-mitochondrion}}。[[真核生物]]的祖先攝入了此種細菌，進行[[內共生學說|內共生]]作用，成為後來的[[粒線體]]<ref name=Ferla>{{cite journal|title=New rRNA gene-based phylogenies of the Alphaproteobacteria provide perspective on major groups, mitochondrial ancestry and phylogenetic instability|pages=e83383|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=8|issue=12|date=2013|doi=10.1371/journal.pone.0083383|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24349502|accessdate=2019-02-12|author=Matteo P. Ferla, J. Cameron Thrash, Stephen J. Giovannoni, Wayne M. Patrick|pmid=24349502|pmc=PMC3859672}}</ref>。還有一種生物技術上很喜歡使用的[[農桿菌]]（Rhizobium radiobacter）也是本綱成員，科學家常常使用本物種來將外來DNA導入植物基因體中。<ref>Chilton MD, Drummond MH, Merio DJ, Sciaky D, Montoya AL, Gordon MP, Nester EW., Stable incorporation of plasmid DNA into higher plant cells: the molecular basis of crown gall tumorigenesis, Cell. 1977 Jun;11(2):263-71.</ref>另外，一些光自營生物像是[[遍在遠洋桿菌]]（''Pelagibacter ubique''）也屬於此綱，α-變形菌的微生物可能佔了海洋微生物的10%左右。

== 演化及基因體 ==

關於本綱所屬的目，有人反對現行的分類法，尤其是''{{le|Pelagibacterales}}''的地位，但大體上大家還是普遍接受。細菌的分類學一直是分類學家相當頭痛的問題，因為細菌的基因會彼此互相交流，且基因歧異度相當高（像是[[遍在遠洋桿菌]]由於他的寄生行為，就會精簡化他的基因體）。在某些目中，其成員的GC含量變異也大的誇張<ref name=Ferla/>。舉個例子，像是''Pelagibacterales''、[[立克次體目]]（''Rickettsiales''）和''Holosporales''三者的基因體都含有高AT含量，有人認為那其實是[[趨同演化]]所導致的假象<ref>{{cite journal|title=The SAR11 group of alpha-proteobacteria is not related to the origin of mitochondria|pages=e30520|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=7|issue=1|date=2012|doi=10.1371/journal.pone.0030520|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291975|accessdate=2019-02-12|author=Naiara Rodríguez-Ezpeleta, T. Martin Embley|pmid=22291975|pmc=PMC3264578}}</ref><ref>{{cite journal|title=Independent genome reduction and phylogenetic reclassification of the oceanic SAR11 clade|pages=599–615|issn=1537-1719|journal=Molecular Biology and Evolution|volume=29|issue=2|date=2012-2|doi=10.1093/molbev/msr203|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21900598|accessdate=2019-02-12|author=Johan Viklund, Thijs J. G. Ettema, Siv G. E. Andersson|pmid=21900598}}</ref><ref>{{cite journal|title=Comparative and phylogenomic evidence that the alphaproteobacterium HIMB59 is not a member of the oceanic SAR11 clade|pages=e78858|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=8|issue=11|date=2013|doi=10.1371/journal.pone.0078858|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24223857|accessdate=2019-02-12|author=Johan Viklund, Joran Martijn, Thijs J. G. Ettema, Siv G. E. Andersson|pmid=24223857|pmc=PMC3815206}}</ref>，而反對方也有他們自己的論述<ref name=Ferla/><ref>{{cite journal|title=Phylogenomic analysis of Odyssella thessalonicensis fortifies the common origin of Rickettsiales, Pelagibacter ubique and Reclimonas americana mitochondrion|pages=e24857|issn=1932-6203|journal=PloS One|volume=6|issue=9|date=2011|doi=10.1371/journal.pone.0024857|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21957463|accessdate=2019-02-12|author=Kalliopi Georgiades, Mohammed-Amine Madoui, Phuong Le, Catherine Robert, Didier Raoult|pmid=21957463|pmc=PMC3177885}}</ref><ref>{{cite journal|title=Phylogenomic evidence for a common ancestor of mitochondria and the SAR11 clade|pages=13|issn=2045-2322|journal=Scientific Reports|volume=1|date=2011|doi=10.1038/srep00013|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22355532|accessdate=2019-02-12|author=J. Cameron Thrash, Alex Boyd, Megan J. Huggett, Jana Grote, Paul Carini, Ryan J. Yoder, Barbara Robbertse, Joseph W. Spatafora, Michael S. Rappé, Stephen J. Giovannoni|pmid=22355532|pmc=PMC3216501}}</ref><ref>{{cite journal|title=A robust species tree for the alphaproteobacteria|pages=4578–4586|issn=0021-9193|journal=Journal of Bacteriology|volume=189|issue=13|date=2007-7|doi=10.1128/JB.00269-07|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17483224|accessdate=2019-02-12|author=Kelly P. Williams, Bruno W. Sobral, Allan W. Dickerman|pmid=17483224|pmc=PMC1913456}}</ref>。後來有人發現用以判斷分類依據的[[rRNA]]中，GC含量好像好像不太會受基因體變異影響。因此，rRNA中GC含量較高的 ''Holosporales'' 就被和低GC含量的''Pelagibacterales''和[[立克次體目]]分開了<ref name=Ferla/>。

α-變形菌綱下有三個亞綱''Magnetococcidae''、[[立克次體|立克次體亞綱]]（''Rickettsidae''）和柄桿菌亞綱（''Caulobacteridae''）<ref name=Ferla />。[[基群]]為''Magnetococcidae''，此類別包含了許多[[趋磁细菌]]（由於趨磁細菌為[[多系群]]，因此只有部分包含於α-變形菌之下）<ref>Bazylinski DA, Williams TJ, Lefèvre CT, Berg RJ, Zhang CL, Bowser SS, Dean AJ, Beveridge TJ. (2012) ''Magnetococcus marinus'' gen. nov., sp. nov., a marine, magnetotactic bacterium that represents a novel lineage (''Magnetococcaceae'' fam. nov.; ''Magnetococcales'' ord. nov.) at the base of the ''Alphaproteobacteria''. Int J Syst Evol Microbiol. doi: 10.1099/ijs.0.038927-0</ref>立克次體亞綱則由細胞內寄生的立克次體目（''Rickettsiales''），以及可以在胞外單獨生存的''Pelagibacterales''。柄桿菌亞綱則由''Holosporales''、紅螺旋菌目（''Rhodospirillales''）、鞘脂單胞菌目（''Sphingomonadales''）、紅細菌目（'' Rhodobacterales''）、柄桿菌目（''Caulobacterales''）、''Kiloniellales''、''Kordiimonadales''、短小盒菌目（''Parvularculales''），和''Sneathiellales''。

== 系統發生學 ==

以下表格是根據[[美国国家生物技术信息中心]]（NCBI）<ref name=Euzeby /><ref>{{cite web |author = Sayers et al.| url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=28211&lvl=3&lin |title=Alphaproteobacteria |accessdate=2011-06-05 |publisher=[[美国国家生物技术信息中心]]（NCBI） taxonomy database [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/index.cgi]}}</ref>

而樹狀圖則是根據{{le|'The All-Species Living Tree' Project}}所提供的16s rRNA分析結果<ref>[['The All-Species Living Tree' Project]].{{cite web | url=http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf | title=16S rRNA-based LTP release 106 (full tree) | publisher=[[Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database]] [http://www.arb-silva.de/projects/living-tree] | accessdate=2011-11-17 | archive-date=2012-08-11 | archive-url=https://www.webcitation.org/69pId1wlm?url=http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_106/LTPs106_SSU_tree.pdf | dead-url=no }}</ref>

|13=''[[Rhodovibrio]]''

|1=[[紅螺菌科]] ''Rhodospirillaceae'' 2

|1=[[紅螺菌科]] Rhodospirillaceae 3

|1=[[紅螺菌科]] Rhodospirillaceae 4

|1=[[立克次體目]] Rickettsiales （包含[[線粒體]]）

|1=[[Sphingomonadaceae]] （包含[[Erythrobacteraceae]], ''[[Caulobacter leidyi]]'', ''[[Asticcacaulis]]''）

|1=[[紅螺菌科]] 1 [包含''[[Roseospirillum parvum]]'', ''[[Kiloniella laminariae]]'', ''[[Terasakiella pusilla]]'']

*註：<br/>資料取自[[美国国家生物技术信息中心]]（NCBI）

== 參考文獻 ==

{{reflist|45em}}

== 外部連結 ==

* [http://www.bacterialphylogeny.info/groupspecific/alphaproteo/alpha.html Bacterial (Prokaryotic) Phylogeny Webpage: Alpha Proteobacteria.] {{Wayback|url=http://www.bacterialphylogeny.info/groupspecific/alphaproteo/alpha.html |date=20100510232929 }}

[[Category:Α-變形菌| ]]